کیت تشخیص مولکولی MTHFR A1298C Mutation Detection Kit
واریانت A1298C در نام‌گذاری استاندارد ژنتیکی با عنوان MTHFR c.1286A>C و تغییر پروتئینی p.Glu429Ala (E429A) شناخته می‌شود و دارای شناسه rs1801131 است.
ژن MTHFR در مسیر متابولیسم فولات و متابولیسم هموسیستئین نقش دارد. با این حال، اهمیت بالینی واریانت A1298C باید با توجه به ژنوتیپ فرد، شرایط متابولیک، وضعیت فولات و سایر عوامل ژنتیکی و محیطی تفسیر شود.این کیت می‌تواند، مطابق با طراحی و اعتبارسنجی محصول، برای موارد زیر مورد استفاده قرار گیرد:
شناسایی واریانت MTHFR A1298Cتعیین ژنوتیپ AA، AC و CCمطالعات ژنتیکی و مولکولیمطالعات genotype–phenotype correlationمطالعات مرتبط با متابولیسم فولاتمطالعات مرتبط با متابولیسم هموسیستئینمطالعات جمعیت‌شناختی و ژنتیک جمعیتتحقیقات مرتبط با واریانت‌های ژن MTHFR
نکته مهم: شناسایی A1298C به‌تنهایی به معنای تشخیص یک بیماری خاص نیست و نتیجه باید در کنار اطلاعات بالینی و در صورت نیاز یافته‌های آزمایشگاهی مرتبط تفسیر شود.
MTHFR Gene
ژن MTHFR کدکننده آنزیم Methylenetetrahydrofolate Reductase است.
این آنزیم در مسیر متابولیسم فولات نقش دارد و از طریق تأمین فرم‌های فعال فولات، در مسیرهای متابولیکی مرتبط با تبدیل هموسیستئین به متیونین مشارکت می‌کند.
تغییرات ژنتیکی در MTHFR می‌توانند بر عملکرد پروتئین اثر بگذارند، اما اثر یک واریانت شایع مانند A1298C باید از اختلالات نادر و شدید ناشی از واریانت‌های بیماری‌زای MTHFR متمایز شود.
Molecular Background
واریانت A1298C یک تغییر تک‌نوکلئوتیدی در ژن MTHFR است که منجر به جایگزینی اسیدآمینه:
Glutamic Acid → Alanine
در موقعیت پروتئینی مربوطه می‌شود.
نام‌گذاری استاندارد بر اساس ترنسکریپت مرجع فعلی:
MTHFR NM_005957.5.1286A>C
و تغییر پروتئینی:
NP_005948.3.Glu429Ala
است.
این واریانت در جمعیت‌های مختلف نسبتاً شایع است و در مطالعات متعدد از نظر ارتباط با شاخص‌های متابولیک و بیماری‌های مختلف بررسی شده است. با این حال، وجود مطالعات association به‌تنهایی به معنای ایجاد یک بیماری مشخص توسط این واریانت نیست.
MTHFR A1298C Genotypes
در یک تست ژنوتایپینگ دو آللی، سه وضعیت اصلی قابل گزارش است:
AA – Wild Type
در این حالت آلل C شناسایی نمیشود.
Genotype: A/A
AC – Heterozygous
در این حالت یک آلل A و یک آلل C وجود دارد.
Genotype: A/C
این نتیجه نشان‌دهنده وضعیت Heterozygous برای A1298C است.
AC – Heterozygous
در این حالت یک آلل A و یک آلل C وجود دارد.
Genotype: A/C
این نتیجه نشان‌دهنده وضعیت Heterozygous برای A1298C است.
Step 1 – DNA Extraction
DNA ژنومی از نمونه مناسب استخراج می‌شود.
کیفیت و خلوص DNA و همچنین عدم وجود PCR inhibitors از عوامل مهم در عملکرد صحیح آزمایش هستند.
Step 2 – Target Amplification
ناحیه ژنی حاوی واریانت A1298C با استفاده از primers اختصاصی تکثیر می‌شود.
Step 3 – Real-Time Detection
فرآیند amplification از طریق سیگنال فلورسنت در زمان واقعی پایش می‌شود.
Step 4 – Allele Discrimination
سیگنال‌های اختصاصی آلل‌های A و C برای تعیین وضعیت ژنوتیپی مورد استفاده قرار می‌گیرند.
Step 5 – Genotype Calling
بر اساس الگوی سیگنال و معیارهای اعتبارسنجی‌شده assay، ژنوتیپ نهایی تعیین می‌شود.
Real-Time PCR Technology
فناوری Real-Time PCR امکان تشخیص و پایش amplification را بدون نیاز به مراحل طولانی post-PCR فراهم می‌کند.
در طراحی‌های mutation detection، استفاده از primers و/یا probes اختصاصی می‌تواند امکان تشخیص و تمایز آلل‌های مختلف را فراهم کند.
مزایای این فناوری شامل:
Target-specific molecular detectionسرعت مناسبحساسیت و اختصاصیت مناسب، مطابق Validationقابلیت اتوماسیونworkflow ساده و استانداردامکان استفاده در آزمایشگاه‌های ژنتیک و مولکولی
Clinical and Laboratory Applications
بسته به intended use و validation محصول، MTHFR A1298C Mutation Detection Kit می‌تواند برای کاربردهای زیر مورد استفاده قرار گیرد:
MTHFR Genotyping
شناسایی و تعیین ژنوتیپ A1298C.
Molecular Genetic Studies
مطالعات ژنتیکی مرتبط با MTHFR و واریانت‌های شایع آن.
Folate Metabolism Research
بررسی ارتباط ژنوتیپ‌های MTHFR با مسیرهای مرتبط با متابولیسم فولات.
Homocysteine-Related Research
مطالعه ارتباط ژنوتیپ MTHFR با شاخص‌های متابولیسم
هموسیستئین.
Genotype–Phenotype Correlation
مطالعه ارتباط ژنوتیپ با پارامترهای بیوشیمیایی و فنوتیپی.
Population Genetics
بررسی فراوانی و توزیع آلل‌ها و ژنوتیپ‌های MTHFR در جمعیت‌های مختلف.
Research Applications
استفاده در پروژه‌های تحقیقاتی مرتبط با ژنتیک انسانی و متابولیسم فولات.
MTHFR A1298C and Folate Metabolism
ژن MTHFR در مسیر متابولیسم فولات نقش دارد و به همین دلیل واریانت A1298C در مطالعات مختلف مورد بررسی قرار گرفته است.
با این حال، وضعیت فولات در بدن تنها به ژنوتیپ MTHFR وابسته نیست و عواملی مانند:
میزان دریافت فولاترژیم غذاییVitamin B12Vitamin B6وضعیت متابولیکعملکرد کلیهسایر عوامل ژنتیکی
نیز می‌توانند بر شاخص‌های مرتبط با متابولیسم فولات و هموسیستئین تأثیرگذار باشند.
بر اساس اطلاعات CDC، شواهد کافی برای اینکه A1298C به‌تنهایی به‌طور قابل توجهی نحوه پردازش فولات را تغییر دهد وجود ندارد؛ بنابراین نباید نتیجه ژنتیکی را به‌تنهایی معادل یک اختلال متابولیک در نظر گرفت.
MTHFR A1298C and Homocysteine
هموسیستئین تحت تأثیر مجموعه‌ای از عوامل ژنتیکی، تغذیه‌ای و متابولیک قرار دارد.
بنابراین، در صورت نیاز به ارزیابی وضعیت هموسیستئین، اندازه‌گیری مستقیم آن می‌تواند اطلاعات مکملی در کنار genotype ارائه دهد.
به‌طور کلی:
MTHFR Genotype ≠ Homocysteine Level
و:
A1298C Detection ≠ Diagnosis of Hyperhomocysteinemia
نتیجه ژنتیکی باید در کنار سایر اطلاعات آزمایشگاهی و بالینی تفسیر شود.
Genotype InterpretationAA – Wild Type
Interpretation:
واریانت A1298C در وضعیت هتروزیگوت یا هموزیگوت شناسایی نشده است.
این نتیجه تنها درباره واریانت هدف این assay اظهار نظر می‌کند و سایر واریانت‌های MTHFR را رد نمی‌کند.
AC – Heterozygous
Interpretation:
یک آلل دارای واریانت A1298C شناسایی شده است.
Genotype: A/C
این یافته باید بر اساس intended use کیت و در صورت نیاز با اطلاعات بالینی و آزمایشگاهی تفسیر شود.
CC – Homozygous Variant
Interpretation:
دو آلل دارای واریانت A1298C شناسایی شده‌اند.
Genotype: C/C
وجود این ژنوتیپ به‌تنهایی تشخیص یک بیماری خاص را ایجاد نمی‌کند و تفسیر آن باید در چارچوب بالینی مناسب انجام شود.
Clinical Interpretation
یکی از مهم‌ترین نکات در گزارش MTHFR A1298C، تفکیک بین genetic finding و clinical diagnosis است.
A1298C یک واریانت شایع در جمعیت است و داده‌های ClinVar برای ارتباط آن با برخی شرایط بیماری‌زا، بسته به context، یکنواخت نیستند؛ در رکوردهای فعلی NCBI، برای برخی کاربردها طبقه‌بندی‌های benign/likely benign یا conflicting دیده می‌شود.